ミレニアム3

宿敵ザラチェンコと対決したリスベットは、相手に重傷を負わせたものの、自らも傷つき、瀕死の状態に陥ってしまった。現場に駆けつけたミカエルの手配で、リスベットとザラチェンコは病院に送られ、一命を取りとめる。だが、彼女を拉致した金髪の巨人は逃走してしまう。この事件は、公安警察の特別分析班の元班長グルベリに衝撃を与えた。特別分析班は、政府でも知る人の少ない秘密の組織で、ソ連のスパイだったザラチェンコの亡命を極秘裡に受け入れ、彼を匿ってきた。今回の事件がきっかけでそれが明るみに出れば、特別分析班は糾弾されることになるからだ。グルベリは班のメンバーを集め、秘密を守るための計画を立案する。その中には、リスベットの口を封じる卑劣な方策も含まれていた……

リスベットは回復しつつあったが、様々ないわれのない罪を着せられていた。リスベットを守るためミカエルは、彼女の弁護士になった妹のアニカ、警備会社の社長アルマンスキー、彼女の元後見人パルムグレンらを集めて、行動を開始する。だが、特別分析班は、班の秘密に関与する者たちの抹殺を始めた。さらに彼らの過去の悪事を露見させる書類をミカエルたちから取り戻すべく、強硬策に出る。一方ミカエルは、病院内にいるリスベットと密かに連絡を取ることに成功、必要な情報を彼女から得ようとする。そして、特別分析班の実態を暴く捜査を開始した公安警察と手を組み、巨大な陰謀を解明しようとする。やがて、リスベットの裁判が始まり、特別分析班に操られた検事とアニカ、リスベットが法廷で白熱の闘いを繰り広げる！