(上)ルーヴル美術館館長ソニエールが館内で死体となって発見された。
殺害当夜、館長と会う約束をしていたハーヴァード大学教授ラングドンは、フランス警察より捜査協力を求められる。
ソニエールの死体は、グランド・ギャラリーでダ・ヴィンチの最も有名な素描<ウィトルウィウス的人体図>を模した形で横たわっており、さらに、死体の周りには、複雑怪奇なダイイングメッセージが残されていた。
館長の孫娘でもあり、現場に駆けつけてきた暗号解読官ソフィーは、祖父が自分だけに分かる暗号を残していたことに気付く……。
(下)ソニエールが死の直前に残したメッセージには、ラングドンの名前が含まれていた。
彼は捜査協力ではなく第一容疑者として現場に連れてこられたのだ。
ソフィーの機知により苦境を脱したラングドンは、彼女が祖父の残した暗号を解く手助けをすることになる。
フィボナッチ数列、アナグラム……数々の象徴の群れに紛れたメッセージを解き進む二人の前に現れたのは、ダ・ヴィンチが英知の限りを尽くして暗号を描き込んだ絵画<最後の晩餐>だった。
そして、絵の中に長年秘されてきた驚愕の事実が、ついに、白日の下にさらされる!